sissejuhatus, heks, elu, phiomaduseks, prilikkus, mis, avaldub, kikides, bioloogilistes, funktsioonides, ja, struktuurides, ige, paremini, organismide, paljunemise, protsessis, rilikkuse, sisu, geneetiline, informatsioon, ning, kujutab, endast, teavet, valkude, ehituse, struktuuri, kuid, samuti, ka, nende, kasutamise, kohta, info, peitub, aga, geenides, aastal, mras, human, genome, pro, ject, eesti, inimese, genoomi, projekt, tielikult, esimese, leiti, et, inimeses, ligikaudu, geeni, kuigi, geenide, kaardistamine, nnestus, ei, ole, kaugeltki, veel, teada, kikide, funktsionaalsus, ongi, jrgmine, suur, samm, uurimises, koostada, regulatoorsed, vrgustikud, koguda, informatsiooni, funktsioonide, selleks, va, tpsemalt, seoseid, meile, huvipakkuvateks, valkudeks, transkriptsioonifaktorid, seonduvad, kindlatele, jrjestustele, mida, nimetatakse, promootoriks, reguleerivad, mrna, ingl, messenger, transkriptsiooni, taset, transkriptsioonifaktorite, seondumiste, saame, kromatiini, immunosadestamise, katsega, id, saavad, seonduda, ainult, siis, kui, seotud, mber, histoonide, valgud, seovad, enda, seda, kompaktsemalt, kromosoomis, hoiustada, ehk, avatud, katseliselt, vimalik, mta, dnase, katsetega, transkriptsioonifaktori, seondumine, ks, osa, geeniregulatsioonist, tihtipeale, algata, sest, neil, mingit, aktivaatorit, seega, uuritakse, hirituse, millised, geenid, millel, oluline, regulatsioonis, teatud, tingimustel, irituse, katses, jutatakse, hte, kas, positiivselt, vi, negatiivselt, mdetakse, teised, suurel, mral, muutub, ekspressiooni, tase, kombineerides, eksperimendist, saadud, andmeid, katsest, seondumise, andmetega, eristada, kaht, gruppi, sihtmrkgeene, neid, lbi, jutavad, mingid, vahefaktorid, signaalivahenda, jad, antud, eesmrgiks, uurida, juhtumeid, kus, signaal, liigub, jutatud, sihtmrkidelt, teistele, geenidele, leida, bioloogiline, taust, kehas, miljardit, rakku, inimene, pristuumse, rakutbiga, organism, thendab, prilik, asub, rakutuumas, kromosoomidena, inimesel, kromosoomipaari, nendesse, jaotunud, koopia, st, igas, lineaarses, jrjestuses, kindlalt, paiknevad, funktsionaalsed, ligud, hoiavad, endas, infot, organismi, lesehituse, kasutatakse, snteesiks, keha, nii, nimetatud, ehitusmaterjal, igal, organismil, rohkesti, geene, vastavad, erinevatele, bioloogilistele, tunnustele, nagu, niteks, juuste, silmade, vrv, silmaga, nhtavad, veregrupp, kogu, peituv, realiseeritakse, geeniekspressioonil, millest, peatkis, juttu, tuleb, kirjeldatakse, kuidas, ttab, miks, elusorganismis, geeniekspressioon, joonis, etapid, transkriptsioon, splaissing, translatsioon, kigus, tehakse, ahelale, vastav, ahel, splassinguga, ligatakse, vlja, intronid, saadakse, transleeritakse, aminohappe, ahelaks, omakorda, voldib, valguks, valk, lpp, produkt, elusorganismi, geneetilise, avaldumine, protsess, mille, sisalduv, materjal, produktina, nendeks, produktideks, enamasti, proteiinid, moodustavad, inimkehast, ligi, valke, kasutata, peamise, energiaallikana, vaid, nad, naha, luude, teiste, kudede, alustalaks, pigem, ehitamiseks, taastamiseks, kahjustunud, rakkude, uuendamiseks, mitu, sammu, esimene, etapp, ligule, vastava, ahela, kodeerimine, koosneb, nukleotiitsetest, aluspaaridest, vastavalt, guaniin, tstosiin, adeniin, tmiin, snteesimise, transkribeeritakse, asendunud, uratsiiliga, kodeeritud, sisaldavad, eksoneid, introneid, ekson, valku, kodeeriv, jrjestus, genoomis, samas, intronite, jrjestust, snteesimiseks, geeniekspressiooni, teises, etapis, splaissimisel, nu, alternatiivsele, splaissimisele, erinevate, eksonite, komplekt, toodab, erinevaid, geenist, toota, rohkem, eksonid, hendatakse, tulemuseks, jrgmisena, nukleotiidid, kolmikutena, iga, kolmik, smboliseerib, ht, kindlat, aminohapet, valgu, esmane, struktuur, rast, translatsiooni, toimub, modikatsioon, vtab, kolmedimensioonilise, kuju, funktsionaalne, juures, huvitab, meid, kige, avaldumise, dnast, liguks, kutsutakse, transkriptsioonihikuks, piirkond, eukaroodis, pristuumses, organismis, rohelisega, thistatud, promootori, ala, kuhu, polmeraas, kollasega, geen, hakkab, transkribeerima, looma, le, vastavat, ahelat, raku, tuumas, paikneb, rakus, sama, selle, transkriptoom, transcriptome, kikvimalikud, transkribeeritud, erineb, sltuvalt, funktsioonist, rakutbist, iteks, insuliini, tootvad, rakud, pankreases, khunrmes, transkripte, jaoks, seevastu, sisalda, kannavad, transkribeerita, elda, bioloogilised, tingimused, sobilikud, lihtsamalt, eldes, kirjeldab, avalduvad, kolmes, olemasolu, vga, esimeses, kinnitub, ensm, nimega, kindla, jrjestuse, klge, tihti, alusta, tingimusel, sellisel, juhul, ssteemis, kaudne, regulaator, aktiveerib, sellest, kirjas, jrgmises, alapeatkis, teiseks, etapiks, elongatsiooni, kll, kahe, ahelaga, topelt, heeliks, lheb, snteesi, malliks, kollane, joonisel, jtkub, kodeerima, snteesima, uut, mda, suunaga, noolega, toodud, suund, loodud, ahelas, uratsiil, kolmandaks, viimaseks, terminatsioon, uue, sntees, kestaks, igavesti, jalik, terminatsiooni, kompleksi, lagundaks, vrskelt, snteesitud, molekul, moodustab, rikka, millele, jrgnevad, nrgad, sidemed, mehaanilise, surve, tttu, lhutakse, tmmatakse, transkripti, aktiivpiirkonnast, phjustab, suurte, puhul, inimesed, regulatsioon, selge, tegemist, palju, keerulisema, ssteemiga, esiteks, dnas, paikne, jrjest, vahel, rmps, dnad, puudub, teadaolev, saa, vabalt, piirkonnaga, aitavad, polmeraasil, lisaks, millist, mingisugune, seondumispiirkond, reguleerib, ligus, koos, potentsiaalseid, sihtmrke, enamik, regulatoorsetest, valkudest, mitme, juhtub, regulatoorsel, valgul, eksisteerib, seondumispiirkonda, relikult, vib, reguleeriv, mngida, rolli, ekspressioonis, kuna, osad, mitmesse, eri, piirkonda, genoomil, jrelikult, vivad, jutada, ekspressioon, blokeerida, teise, avaldumist, regulatsiooni, mudel, nha, produktiks, regulatoorne, blokeerib, kik, sarnased, nidatud, vrgustiku, tpne, annab, ettekujutuse, niinimetatud, multifaktoriaalne, osaleb, jooniselt, nr, seob, mngib, nimelt, avaldab, ju, geenile, olgugi, katsete, tulemusena, jutamisel, muutust, tpselt, vahellideks, katsetulemuste, kombineerimisel, luua, hpoteese, olla, jateks, hiljem, kinnitada, kummutada, rakuliin, kogum, organismidelt, tavapraselt, paljuneks, tnu, rakumutatsioonile, tehislikule, keskkonnale, eemaldanud, normaalsest, vananemise, protsessist, suudavad, jtkata, paljunemist, vitro, tagab, edasise, kasvu, sellist, silitamist, philiselt, katselistel, eesmrkidel, rakuliine, saab, teoreetiliselt, lpmatuseni, kloonida, eelise, teha, analse, katseid, geneetiliselt, samadel, rakkudel, korduvates, teaduslikes, eksperimentides, testida, eukarootide, erinevatel, siiani, kasutuses, olev, hela, saadi, emakakaelavhist, embronaalsete, tvirakkude, uurimisel, peamiselt, andmestikus, kokku, tehtud, erineva, rakuliiniga, transkriptsioonieksperimendid, jrjestamisele, erinevatest, eksperimentaalsetest, allikatest, milliste, promootorpiirkondadega, erinevad, andmed, ldised, bioloogilise, tingimuse, kirjeldamiseks, selgitada, aktiivsete, regulatsioonimehhanismid, katse, kromatiin, sellega, seondunud, moodustuvad, kromosoomid, keerunud, histoonideks, transkriptsioonifaktor, saaks, oleks, kromatiinis, tihedalt, muidu, ruumi, transkriptsioonifaktoril, viisil, histoonid, olek, geeniregulatsiooniga, selliseid, piirkondi, ensmi, deoksribonukleaas, likab, valkudega, mitte, piirkondadest, sellistesse, piirkondadesse, mrata, immunosadestamisega, immunosadestamine, tavaprane, viis, huvipakkuva, seondumispiirkondi, tehnika, aimdust, omavahelised, suhted, neb, lhidalt, selline, huvipakkuv, seostatakse, jutiselt, jagatakse, aluspaari, suurusteks, osadeks, ultrahelittluse, abil, proteiin, asetseb, sadestatakse, kasutades, sellele, proteiinile, omast, antikeha, puhastatakse, selgitatakse, sekventsid, jrjestused, paigutatakse, genoomile, leitud, loetakse, valguga, seostunuks, eksperiment, nide, geeniregulatsiooni, mudeli, phjal, roheline, thistab, punane, toimu, tulbas, normaalsed, olekud, samade, huvipakkuvat, hiritud, vhendatud, normaalsetes, tingimustes, faktor, inhibeerida, inhibit, langenud, vastupidiselt, tavaolekus, avaldu, hirida, tuseb, seisneb, selles, huvipakkuval, suurendatakse, vhendatakse, upregulationja, downregulation, sihtmrkgeenid, nitavad, mrkimisvrset, jlgida, hakka, ldse, ekspresseerima, vastupidi, mrgatavalt, tusnud, eksperimenti, tuntakse, transcription, factor, perturbation, experiment, praktiline, rgnevas, kigust, milliseid, kasutatud, andmete, pritolu, omavahel, kombineerida, kaardistada, lhedusmbruses, asuvad, seondumispiirkonnad, katsed, molekulaarbioloogias, tranksriptsioonifaktorite, bioloogiliste, protsesside, rohkelt, katsetest, tulevad, eraldiseisvad, tulemuste, arvestata, sellised, tulemused, anna, tielikku, arusaama, bioloogilistest, protsessidest, istmaks, bioloogilisi, protsesse, tuleks, katsetulemustest, integreerida, vaadata, htse, tervikuna, saada, tpsem, levaade, peituvast, regulatoorsest, funktsionaalsustest, andmestikud, andmestikku, igat, eraldi, kihti, ksteise, peale, ladudes, juame, uute, teadmisteni, vanadest, tpsemad, paremad, encyclopedia, elements, rahvusvaheline, jekt, olnud, elemendid, genes, gene, variants, jekti, alampro, eesmrk, kodeerivad, tuvastada, funktsionaalsust, inimestes, hiirtes, sisaldub, jrgneva, kromosoom, kirjeldus, funktsionaalse, elemendi, tp, alguspunkti, koordinaat, kromosoomil, pp, punkti, strand, kodeerimist, suunal, ensembl, https, www, encodepro, org, http, gencodegenes, nimed, proler, avalik, veebirakendus, iseloomustamiseks, proleril, alam, triist, convert, identikaatorite, nimede, tlkimiseks, convertphineb, emsembl, andmebaasil, vimeline, tlkima, liikide, nimetpe, nimi, raames, andmestik, sisaldab, hperaktiivsetest, seondumispiirkondadest, piirkonnad, keerdunud, sinna, jrgmist, piirkonna, alguskoordinaat, lppkoordinaat, suunda, kodeerimispiirkonna, rakuliinide, loend, arv, seq, jektis, saadaval, sekveneerimise, ra, kaardistatud, tpsustatud, faktorid, jrgnevat, seondumispiirkonna, pikema, loendi, mrgitakse, multiple, kujul, biit, cs, ut, ee, gproler, cgi, data, annotations, mra, ekspresseerub, andmestiku, mrgitud, geeniekspressioonis, hirimise, korral, faktori, spetsiilised, regulatoorsete, jate, leidmiseks, otseselt, kaudselt, andmestikke, ldiste, andmestikega, itena, tuntud, poolt, rakuliinil, hesc, kolmest, peamisest, transkriptsioonifaktorist, vastutavad, pluripotentsuse, eneseuuenduse, eest, prit, embryonic, database, escdb, andmebaasist, baasis, hiire, tvirakkudega, eksperimentide, ensembli, sid, piirkonnas, expression, nimekiri, dest, eksperimendiga, escd, html, signaali, vahendavate, leidmine, automaatselt, geenidevahelisi, eelpool, kirjeldatud, suuremahulistest, andmetest, sammuna, olevaid, vimalike, regulaatorite, promootorite, regulatoorses, alas, seondumist, peame, vimalikuks, jaks, regulaatorilt, eraldada, reguleeritud, alles, jnud, geenidest, kolmanda, potentsiaalsed, ise, regulaatori, leidub, jutab, pidada, huvipakkuvalt, faktorilt, mbruses, leidmi, ne, leidmaks, mbrusesse, esmalt, andmestikust, koordinaadid, kaugus, alguspunktist, site, hakkame, seonduvaid, transkriptsioonifaktoreid, otsima, otsitava, suuruse, valik, vaba, regiooni, mrkida, leiduvad, kust, ktte, mbruse, saadaolevad, regioonid, mrgata, arvutada, lekatte, etapi, jrgmiste, tulpadega, keskpunkti, koordinaadist, protsent, tulemus, realiseeritud, algoritmiga, parameetriteks, vahemik, selliste, parameetritega, kirjet, rgnevalt, mingi, veeru, vrtus, tabel, ide, tulemusest, lesvoolu, poole, kaugusel, cebpbtielikult, tabeli, visuaalsel, seondub, vljendatud, alsupaaride, arvuga, jb, vahele, pruuniga, tenolisemalt, hakatakse, sulgudes, tlkimine, kaudsete, sihtmrkgeenide, eraldamine, seondumissaitide, binding, sites, failis, nimeks, unikaalne, identikaator, nime, jalikuks, identikaatoriks, tlkida, seejrel, kasutusse, ldistele, andmetele, kaks, spetsiilist, vetud, andmestike, kasutusel, pythoni, funktsioon, snier, millega, ridadel, eraldatud, sisendandmed, pruugi, alati, formaadis, docs, python, csv, sihtmrgid, tulemusel, andmefailiks, eksperimendi, osas, tlgime, sammus, nimedeks, lkimine, failist, sorteerida, viimases, allesjnud, nimekirjas, hoida, tundmatu, ta, otsene, teame, prast, eraldasime, kaudsed, mbritsevate, transkriptsioonifaktoritega, viimase, ksimrgiga, leiamegi, transkriptsioonifaktorilt, meil, teadaolevad, otsesed, rele, olemas, kahte, mrgatud, sihtmrgi, lbimist, kaudu, tlgitud, leidu, otseste, sihtmrkide, nite, lugeda, transkriptsioonifaktorit, regulatoorse, kolmiku, loeme, geenilt, olukord, visualiseeritud, automaatne, automaatseks, programm, solver, kirjutatud, keeles, standardteeke, sys, steemi, spetsiika, codecs, pithtede, muude, smbolite, encoding, andmefailide, sisselugemine, os, operatsioonissteemi, algoritmi, jookmiseks, kulunud, mtmine, congparser, konguratsioonifailide, ttlemiseks, json, konguratsioon, kasuta, jal, kongureerida, solverit, oma, soovide, jrgi, tahetud, tulemusi, black_box_cong, inining, vastavate, parameetrite, muutmiseks, konguratsioonifail, avada, valitud, tekstiredaktoris, vastavaid, parameetreid, muuta, kood, programmi, konguratsioonifailist, ini, kongureeritavate, kivitamisel, kontrollitakse, tekitatakse, esialgne, vaikevrtustega, mratavad, jrgmised, parameetrid, blackbox, otsingupiirkond, kaugelt, ist, otsida, aktiivseid, promootoreid, regulaatoreid, isarv, rakuliini, nimetus, gencode, chipseq, dnasei, geeninimed, tlkimise, tiendab, etteantud, tle, parameetrit, hoitakse, failide, loodud_failid, failidest, [[vahemik, faili, nimi], kasutamine, kasutamiseks, kivitada, ksurealt, py, [huvipakkuva, [otsesed, sihtmrgid], [hirituse, andmed], [vahemik], [rakuliin], minimaalselt, argumenti, esimeseks, argumendiks, neljas, argument, kohustuslik, mratud, sutab, vahemikku, vetakse, vaikevrtus, viies, jagatud, loogiliselt, nelja, etappi, kontrollid, lugemine, loomine, suunatud, graa, tks, konguratsioonifaili, loob, konguratsiooni, vaikeseadistustega, loeb, olemasolevast, argumentide, vrtused, saanud, minimaalsed, jalikud, argumendid, konguratsioonifailis, kontroll, vahemiku, veendutakse, tisarvuga, lbitud, jtkab, andmestikuga, vaatab, mni, juba, atribuudist, otsing, vahemikuga, viksem, vrdne, eelnevalt, otsingust, sisse, failinimi, parameetrist, sisend, loomisel, salvestatakse, txt, lisatakse, loendisse, uus, [vahemik, eelviimase, leidma, koostama, teostatud, alapeatkk, td, informeerib, jat, hetkel, ksil, alustan, otsimist, eemaldatud, otsin, signaalivahendajaid, black_boxes_[huvipakkuva, nimi]_[vahemik]_[rakuliin], jale, loomisest, genereerimine, koostab, visualiseeringuid, edasisi, vrgustike, genereeritakse, [signaalivahendaja], [sihtmrk, geen], graaga, importida, veebirakendusse, vimaldab, kasutada, graade, meldud, algoritme, analsimaks, vrgustikke, visuaalsed, graphweb, visualiseeringud, kirjanduses, avalikustatud, teadaolevate, seoste, solveri, genereeritud, nidata, suudab, teadaolevaid, tiendada, jatega, loomiseks, graphwebveebirakendust, visualiseerimisel, tugevalt, sidusate, tippude, strongly, connected, components, sidusaid, bioloogilises, mbrus, network, neighbourhood, kaugusega, vrgustikus, tipp, maksimaalselt, kirjandusest, vrgustik, mrgistatud, jaid, sihtmrk, otsime, sai, nitel, artikli, kombineerimine, tulemustega, helesinisega, lisandunud, regulaatorid, kollaste, nooltega, seosed, pakkunud, uusi, vimalikke, mngivad, suurusega, tiendatud, lisab, kujutatud, vrgustikule, ssteemide, keerukuse, tielik, siiski, uued, hpoteetilised, edasi, arutelu, kromatiinisadestamine, sekveneerimisega, mikrokiibiga, senini, seondumispiirkondade, kaardistamisel, edukas, aktiveeruvad, reageeri, mikrokiibi, tehnoloogiat, suudetud, tegelikku, mistmaks, hiljutiste, arengutega, kromatiinisadestamise, tehnoloogias, tervel, tpset, puhtalt, kirjeldada, reageerib, tsta, langetada, tehnoloogiaid, tpsemini, tuua, nendega, algoritmid, kasutavad, kiki, olemasolevad, veebitriistad, array, kahekihilist, integreerimist, kasutab, kombineerib, lisada, veelgi, enam, tpsust, tulemustesse, deneerida, koheselt, kasutama, hakata, hoiatakse, snkroniseeritakse, baasiga, paari, kuu, tagant, vrsketena, pakkuda, uuemaid, tlkeid, genereerib, veebirakendusega, visuaalselt, kuvada, analsida, regulatoorseid, kokkuvte, kolmikuid, [hiritud, [signaalivahenda, ja], [sihtmrkgeen], funktsionaalset, vrgustikku, enamus, haigused, kujunevad, koostoimel, prilikud, kindel, prandusmuster, vrrelda, lapsevanema, lapse, lapsele, haigus, prandunud, lapses, ll, haiguse, phjusta, vahellisid, haigusega, hinnata, avalduda, esialgsed, nidanud, suutnud, olemasolevatele, seostele, omalt, vahepealsed, viksid, kuuluda, regulaatorsesse, veenduda, esitatud, hpoteesid, teks, osutuvad, testada, tegemine, ressursside, kulukas, triista, pstitada, suurest, vrgustikust, vimalikud, edastada, bioloogidele, kes, vhendada, tehtavate, arvu, aega, bakalaureuset, oli, huvitav, temaatika, kokkupuude, suuremahuliste, ttlmisega, algoritmide, kestvus, paar, minutit, hoopis, paarkmmend, hulk, kndis, miljoni, kirjeni, thtsus, mnaasiumi, jooksul, teadmised, andsid, kigest, pealiskaudse, levaate, geeniregulatsioonil, seisnes, ttlemisel, puudus, teadmine, integreerimine, kasulik, jastub, reaalses, maailmas, tutvudes, lhemalt, taustaga, hakkasid, omama, suuremat, thtsust, suurem, motivatsioon, teades, geeniregulatsioonis, tekkis, kohe, krgendatud, huvi, vastu, tarkvara, suhtes, ts, tekiks, arusaamatusi