sissejuhatus, polmeraasi, ahelreaktsioon, meetod, mis, vimaldab, lihtsalt, ja, kiirelt, laboritingimustes, uuritavat, liku, paljundada, seda, kasutatakse, paljudes, praktilistes, rakendustes, niteks, kliinilises, diagnostikas, isikutuvastamisel, mujal, tskliline, protsess, iga, tskli, alguses, toimub, lhikeste, jrjestuste, praimerite, seondumine, paljundatavale, lhte, le, nendest, seondumispiirkondadest, algab, uute, ahelate, sntees, seetttu, sltub, nnestumine, suuresti, sellest, kui, spetsiiliselt, stabiilselt, praimerid, seonduvad, mittespetsiiline, vib, viia, valeproduktide, tekkeni, tagamaks, eduka, ttamise, tuleb, nende, disainimisel, jrgida, mitmeid, kriteeriumeid, disainiprotsessi, lihtsustab, selleks, ettenhtud, programmide, kasutamine, sellistest, programmidest, populaarsemaid, vtab, sisendiks, huvipakkuva, jrjestuse, ning, disainib, lhtejrjestusele, arvestades, peaaegu, kigi, teadaolevate, valikukriteeriumitega, paraku, ei, ole, seni, algoritmi, lisatud, funktsionaalsust, vimaldaks, kandidaatpraimereid, vlja, selekteerida, mittespetsiiliste, seondumiskohtade, arvu, alusel, esoleva, magistrit, eesmrkideks, koostada, mudel, mittettamise, tenosuse, hindamiseks, lhtudes, potentsiaalsete, arvust, seejrel, implementeerida, maskeerimisalgoritm, kasutaks, leitud, mudelit, selliste, piirkondade, maskeerimiseks, millele, disainitavate, tenosus, kasuta, mratud, nivoost, suurem, lppeesmrgiks, nimetatud, maskeerimisfunktsionaalsuse, integreerimine, programmi, koosneb, kirjanduse, levaatest, praktilisest, osast, levaates, antakse, levaade, metoodikast, praimeridisainist, tutvustatakse, lhemalt, lisaks, rgitakse, lhidalt, meeride, loendamise, programmist, kuidas, sagedustabeleid, vimalik, kasutada, praktilises, osas, kirjeldatakse, tenosust, hindava, mudeli, koostamise, implementeeritud, maskeerimise, loogikat, eraldi, maskeerimisalgoritmi, integreerimisest, viimases, esitatakse, tulemused, arutelu, kogu, metoodika, peatkis, kirjeldatud, tprotsess, lbi, viinud, kesoleva, autor, erandiks, loomisel, kasutatud, disainimine, testimine, antud, osaliselt, jrg, tartu, likooli, molekulaar, rakubioloogia, instituudis, aastal, kaitstud, bakalaureusetle, oligomeeridel, phinevate, bioinformaatiliste, meetodite, bakterite, mramiseks, sekveneerimislugemitest, mille, kigus, loodi, lugemise, analsimise, pakett, ingl, polymerase, chain, reaction, mulliset, al, biotehnoloogias, molekulaarbioloogias, enim, kasutatavaid, meetodeid, amplitseerimiseks, ehk, paljundamiseks, abil, saab, luua, mingist, kindla, jrjestusega, piirkonnast, kiiresti, miljoneid, koopiaid, nu, protsessi, selektiivsetele, omadustele, nii, ka, kindlaks, teha, uuritav, sisaldab, mingit, konkreetset, jrjestust, samuti, mrata, selle, pikkust, korduste, reaala, jaline, kvantitatiivne, qpcr, mta, huvipakkuvate, vi, transkriptide, koopiate, algses, reaktsioonisegus, leiab, praktilist, rakendust, meditsiinilises, valones, et, thompson, kasutusel, laialt, kasutatavate, sekveneerimistehnoloogiate, esimestes, etappides, fragmentide, tphimte, ra, jatud, sellele, harilikes, tingimustes, kaheahelaline, kusjuures, ahelad, teineteise, suhtes, antikomplementaarsed, paarikaupa, paarduvad, nukleotiidid, rast, lahutamist, antikomplementaarsust, kasutades, kummagi, ahela, jrgi, snteesida, teise, jrjestus, elusorganismide, rakkudes, heahelalisele, temaga, komplementaarse, snteesimiseks, ensm, polmeraas, paljunemisel, geneetilise, koodi, duplitseerimiseks, jrglasrakkudesse, stratmann, van, oijen, reaktsioon, lahuses, philised, koostisosad, kuumaresistentsele, polmeraasile, jrjestusele, veel, kaks, praimerijrjestust, kumbagi, koopiad, vabad, nukleotiidimolekulid, puhverlahus, reaktsiooni, ph, silitamiseks, magneesiumi, kaaliumiioonid, stabiliseerimiseks, kramer, coen, lhikesed, enamasti, nukleotiidi, pikkused, heahelalised, fragmendid, wu, antikomplementaarselt, paljundatava, piirkonna, mlema, otsa, erinevate, ahelatega, praimeri, heahelaliseks, muudetud, paardumisel, tekib, fragment, seondub, hakkab, ties, pikkuses, kaheahelaliseks, snteesima, kordusega, suurendatakse, olevate, likude, ligikaudu, korda, tskkel, kolmest, faasist, kaheahelalise, lahutamine, heahelalisteks, heahelalise, otstesse, snteesimine, vt, joonis, faaside, vaheldumine, teostatakse, reaktsioonikeskkonna, temperatuuri, muutmisega, etteantud, mingi, thistatud, sinisega, esmalt, lahutatakse, punasega, kinnitunud, praimeritelt, lhtejrjestusega, rohelisega, suunaga, nteesi, lppedes, uued, saavad, seonduda, otsast, peale, praimeridisain, nnestumist, jutavad, mitmed, tegurid, heks, olulisemaks, neist, korrektne, edukaks, lbiviimiseks, va, kinnituks, piisavalt, samas, vga, ainult, kohtadele, ega, moodustaks, omavahelisi, struktuure, suurema, tkindluse, saavutamiseks, teadlased, teinud, jrjestusi, puudutavaid, mida, valikul, arvestada, nimetatakse, sobivate, leidmist, praimeridisainiks, praimeripaar, disainitakse, selliselt, kumbki, praimer, paarduks, otsaga, thendab, jrjestused, peavad, olema, omavahel, pikkusega, kahe, pikkuste, erinevus, tohiks, olla, eelistatult, sisaldusega, vahemikus, praimereid, disainita, genoomis, kordusjrjestustele, mndade, teiste, genoomipiirkondadega, suurt, homoloogiat, omavatele, aladele, uuritavas, mitmes, sarnases, koopias, olevale, disainitud, valesse, kohta, phjustada, valeprodukti, tekke, paarduda, genoomipiirkonnaga, sellega, ideaalselt, antikomplementaarne, kuid, antikomplementaarsele, sarnane, henukleotiidset, variatsiooni, taoliselt, praimerilt, alata, tihti, viksemas, ulatuses, paardunud, alanud, ghedira, sipos, mitte, ideaalset, paardumist, lubatakse, eelkige, juhul, disainida, mitmele, universaalseid, ldjuhul, valitakse, seondumiskohad, oleksid, vimalikult, spetsiilised, mittespetsiilisele, paardumisele, ga, vivad, valesti, valitud, sellist, struktuuri, dimeeriks, oluline, jlgida, sisaldaks, pratud, kordusjrjestust, vastasel, korral, iseendaga, moodustada, juuksenela, dimeeri, struktuurina, paardu, enam, osale, seega, oodatava, produkti, amplikatsioonil, vallone, butler, sulamistemperatuuriks, praimeridisaini, kontekstis, millest, madalamate, temperatuuride, juures, olekus, krgematel, temperatuuridel, vabalt, pikkusest, nukleotiidsest, koostisest, pikematel, rikkamatel, praimeritel, krgem, arvutamiseks, santalucia, hicks, termodnaamika, mudeleid, arvestavad, praimerijrjestuses, oleva, paardumise, energeetilisele, efektile, samal, ahelal, vahetus, naabruses, nukleotiidide, omavaheliste, interaktsioonide, stacking, ju, sulamistemperatuur, harilikult, chuang, seondumise, faasis, mnevrra, madalamat, soodustada, liiga, madalatel, aga, mittespetsiiliselt, takistab, toimumist, phjustab, tekkimist, praimeridisainil, praimeripaari, oleks, vhem, vrdne, lineaarse, molekuli, otsad, keemiliselt, samavrsed, neid, otsadeks, loetakse, suunal, vastupidise, kinnitub, liigub, edasi, snteesides, uut, komplementaarset, ahelat, edukat, kinnitumist, seondumiskohta, peab, ots, seondunud, sageli, soovitatakse, paikseks, nukleotiid, sest, omavaheline, paardumine, tugevam, nukleotiididel, moodustavad, rohkem, vesiniksidemeid, tuleks, vltida, krvutiasumist, sekundaarstuktuuride, teket, onodera, melcher, ollakse, sunnitud, kasutama, praimerit, seondumiskohaga, eelistada, juhtu, kus, mittekomplementaarsed, aluspaarid, asuks, lhedal, disainimiseks, loodud, programme, oma, lalmainitud, tingimustega, tuntumad, rychlik, primerpremier, biosoft, fastpcr, primerdigital, rozen, skaletsky, imalike, leidmiseks, joondatakse, altschul, kent, muude, sarnaste, programmidega, organismi, genoomile, hulk, vtavad, ennustavad, il, tekkivaid, produkte, digitaalseks, elektrooniliseks, iks, epcr, digitaalse, tarkvarad, insilico, reverse, http, www, ncbi, nlm, nih, gov, pro, jects, cgi, esolev, keskendunud, praimeripaaride, disainimisele, programmiga, negatiivne, tkindlusele, mittespetsiilised, seondumised, kvaliteeti, andreson, koostanud, statistilised, mudelid, ebannestumise, ennustamiseks, vimalike, inimese, mudelite, loomise, aluseks, vetud, enamik, vastab, vaadeldava, sagedustele, tunnuste, sekka, kaasatud, pikkus, protsent, muud, arve, mittepuudutavad, omadused, plike, statistiliste, koostamisel, silmas, peetud, kirjeldaks, vheste, hulka, tunnuse, koguvarieeruvusest, viis, erineva, kompleksusega, ldistatud, lineaarset, toodud, tabelis, puudutavad, tunnused, lineaarsetest, mudelitest, nelja, suur, jrjestuses, tekstikujul, tatud, nukleotiidismbolite, asendamist, spetsiaalse, smboliga, tavaliselt, viketht, programmile, mrgiks, sellesse, tohi, parim, aitab, vhendada, uus, keskmine, varasema, tunnust, arvude, ruutu, meeri, protsenti, paremuselt, jrgmine, tunnustena, praimerijrjestusega, antikomlementaarsed, annab, mnedes, olukordades, paremaid, hinnanguid, arvutamine, esimese, mudeliga, vrreldes, palju, aega, lejnud, neljast, termodnaamikaphised, eelmistest, tunduvalt, keerulisem, viies, hindab, terviklikest, jrjestustest, hetkeseisuga, viimane, versioon, ksurealt, kivitatavast, alusprogrammist, kahest, veebiliidesest, untergasser, ksurea, meldud, integreerimiseks, suure, disainiks, veebiliidesed, tavakasuta, jatele, kelleks, laboris, looduses, ttavad, bioloogid, kes, disaini, analsi, korraga, esimene, avaldati, primer, daly, uue, implementatsioonina, vabavara, alusprogrammi, kood, kirjutatud, programmeerimiskeeles, kivitatav, disainil, arvestatud, lihtne, kaasata, sisaldavatesse, bioinformaatilistesse, jrjekordadesse, integreerida, tarkvarapakettide, sisse, veebiphiseid, teenuseid, kasutavad, komponendina, pcrtiler, gervais, rexprimer, piriyapongsa, integreerimise, hlbustamiseks, koostatud, funktsioonidest, moodul, nukleiinhappejrjestus, parameetrite, vrtused, tlesandeks, sekveneerimispraimerite, hbridisatsiooniproovide, analsiks, detekteerimiseks, kontrollida, juba, olemasolevate, praimerijrjestuste, sobivust, nukleotiidse, ette, anda, parameetreid, sltuvalt, pstitatud, lesandest, omadustega, ige, thtsamad, parameetrid, oodatavate, sulamistemperatuuride, protsentide, lubatud, vahemikud, andmebaasi, seonduvaid, soovita, teadaolevad, kordusjrjestused, olulised, stabiilsus, sekundaarstruktuuride, dimeeride, stabiilsused, kokku, programmil, parameetrit, vljundiks, nimekiri, sobivatest, praimeritest, praimeripaaridest, hbridisatsiooniproovidest, parameetritest, pab, leida, sellised, proovid, vastaks, kige, paremini, kasutaja, soovidele, vljastab, programm, mitu, erinevat, kandidaati, sellisel, jrjestatud, optimumiga, sobivuse, aluse, lemad, vimaldavad, jaliidese, poolest, mugavam, sstematiseeritud, jadustest, lhtuvalt, detailsemad, vhemkasutatavad, vaikimisi, varjatud, automatiseeritud, mned, mitmeetapilised, protsessid, alusprogramm, vimalda, teostada, kloneerimiseks, rmadelt, tellida, veebilehelt, lahkumata, nimekirja, vastavad, kriteeriumitele, saadud, sorteeritakse, puhul, leitakse, sobivused, ksikute, kandidaatpraimerite, ehitatud, elimineeritakse, kiiremate, testidega, kandidaatidest, jakulukamad, operatsioonid, nagu, stabiilsuste, jetakse, viimasteks, sammudeks, analsist, eemaldatud, talletatakse, kvaliteedihinnang, vljastatakse, jale, parimad, alusprogrammile, vrtuseid, tekstifailiga, nn, boulder, formaadile, nidet, lisast, faili, igal, parameetri, nimi, tag, vrtus, eraldatud, vrdusmrgiga, formaadis, vljundfailid, vljundit, kergesti, mne, jrgmise, konverteerida, kahte, tpi, globaalsete, nimed, algavad, primer_, psivad, kivitamisel, vrtustatakse, globaalsed, lesande, vajadusel, uuendatakse, seq_args, sisendjrjestusest, piirkond, trimmed_seq, iki, arvesse, vttes, esialgne, primer_rec, vhendatakse, jooksvalt, eemaldates, sealt, kriteeriumitega, sobi, praimeritele, arvutatakse, kvaliteediskoorid, calc_and_check_oligo_features, allesjnud, hulgast, sobivad, praimeripaarid, primer_pair, pingerea, na, vltel, kuni, muudab, rjestuse, sequence_, sisaldavad, informatsiooni, konkreetse, uuesti, vrtustada, hilisemates, versioonides, lisab, mugavust, veebiliideste, kasutamisel, esmast, avaldamist, mitmel, tiendatud, parandatud, oluliseks, muudatuseks, originaalversioonis, kasutuselolevate, valemite, asendamine, alates, versioonist, uuemate, tpsemate, vastu, sulamistemperatuure, tekkimise, tenosuseid, arvutades, lhimnaabri, nearest, neighbour, soolade, seondumisele, htlasi, tiustatud, disainimist, maskeeritud, aladega, jrjestustele, algsest, arvestanud, alasid, masking, lekattes, olevaid, vikethtedega, softmasking, selline, maskeerimine, erineb, seisukohalt, maskeerimisest, lubab, vikethega, nukleotiidiga, asu, ressaar, remm, muuhulgas, tienduste, millega, nuda, vljastatud, unikaalseid, erineks, vrra, hlbustatud, ekson, leminekutele, splice, site, arvestamata, sealjuures, vahele, jvat, intronit, spetsiiliste, probleemide, lahendamiseks, keerulisemate, lesannete, jaoks, kombineerida, funktsionaalsused, paku, saavutatud, kasutamisega, jrjekordades, multiplex, pikendamine, jalik, mitmete, biotehnoloogiliste, teosta, ise, sisendjrjestuses, ebasoovitavate, maskeerimist, jalikud, programmid, repeatmasker, org, teised, sagedustel, phinev, seondumiste, vltimiseks, kordusjrjestusi, sisaldava, kohaselt, nendele, potentsiaalse, vrdlemisel, andmebaasiga, tegemist, kllaltki, jakuluka, protsessiga, kordusjrjestuste, andmed, ebatielikud, organismide, hoopis, puudu, alternatiivseks, variandiks, sagedusi, fikseeritud, knukleiinhappejrjestuse, fragmenti, meeriks, loendamine, leidmine, efektiivseid, algoritme, kiiremad, loendamiseks, deorowicz, rizk, jellysh, marais, kingsford, kaplinski, nukleiinhapete, korduvate, alade, eelnevalt, asemel, kasutab, paketis, olev, gmasker, maskeerimisel, glistmakeriloodud, leesindatud, blacklist, gmaskerliigub, libiseva, aknaga, maskeerib, meerid, leiduvad, maskeeritakse, lasta, maskeerida, hetkel, aknas, osana, elektroonilise, algselt, glistmakeruue, kolme, glistmaker, sagedustabeli, moodustamiseks, glistquery, varem, sagedustabelist, otsimiseks, glistcompare, tabelitega, hulgateoreetiliste, tehete, hend, hisosa, vahe, tegemiseks, huvipakkuvateks, esimest, fasta, fastq, olevast, jrjestusest, kmeeride, sagedused, salvestab, binaarsel, kujul, vljundfaili, lugemiseks, libisevat, akent, parasjagu, meer, teisendatakse, tisarvuks, salvestatakse, jutisse, igale, kmeerile, tema, komplementaarsele, meerile, tisarv, keerukusega, sorteerimisalgortmi, radix, sort, duvanenko, sammuna, kies, kord, algusest, lpuni, binaarsesse, algne, paketti, kuuluv, salvestas, vaid, sagedus, oli, piirmrast, uuem, leiduvate, enda, sageduse, tabeleid, korduvalt, erinevused, ttab, limel, sisendina, faile, glistmakeri, nitel, jrjest, kik, meere, salvestatud, kirje, antikomplementaarsest, leksikograaliselt, viksem, kanooniline, jrjestatakse, tabel, kirjutatakse, lepamets, failidega, suuremad, vanem, loendas, pikkuseid, siis, maksimaalseks, pikkuseks, tabelitest, otsingute, teostamiseks, logaritmilise, kahendotsingu, tagastab, otsitava, tabelist, huvipakkuvaid, ksureaparameetriga, failina, ksteise, alla, kirjutatult, tabelina, vtta, otsida, kiki, leiduvaid, sageduste, erinevad, meerist, positsioonide, genereeritakse, asendusega, variandid, otsitakse, variante, tagastatakse, summa, eesmrgid, laialdasemalt, trhmade, poolt, jrk, jrgult, arvestab, kindlakstehtud, ll, arvesta, praimerikandidaatide, tuleneb, millel, mittespetsiilisi, seondumisi, piires, annavad, tenosusega, tta, ldse, kaasamine, loogikasse, tavapraseks, jrjekorraks, olnud, lhtejrjestuses, kordustega, taga, alati, spetsiilise, kuulub, jrjekorda, eraldiseisva, joondamisprogrammiga, uuritavast, genoomist, kuhn, tlikas, ebasobivate, asemele, jadusel, kiirendaks, piisa, disainialgoritmil, istlik, iseenesest, genoomipiirkondade, jrgnevalt, statistiline, hindaks, eelmises, punktis, maskeeriks, piirkonnad, tenosused, piirnivoost, disainiloogikasse, testida, efektiivsust, vrrelda, juhtudel, kasutati, implementatsioon, andmestik, hulgas, juhuslikele, piirkondadele, veidi, tuhandele, kromosoomis, leiduvale, henukleotiidsele, variatsioonile, dawson, andmestikus, olevad, jrjestuselt, kski, teisega, osalises, tielikus, varieeruvad, sulamistemperatuurid, jvad, vahemikku, protsendid, lja, jetud, kontrollimine, teadaoleva, kordusjrjestusega, sobib, kesolev, hsti, hindamaks, ttamist, testiti, viidi, paariga, mrgiti, nnestunud, ebannestunud, katsete, arvud, pne, laboriprotokoll, veti, laborikatsete, pealt, hinnatud, vrdseks, praimeritega, reaktsioonide, osakaaluga, edaspidises, katsetulemuste, osakaalude, histogramm, ksitletakse, tegelikku, hinnati, phjal, iteks, kseeritud, kkorral, iseloomustab, praimerile, leiti, vastavate, referentsgenoomis, tisarvude, vrtuste, laiad, teisendati, logaritmilisele, skaalale, deneeriti, muutujad, logaritmitud, sagedusest, tkates, eelmist, paikneb, vrtuseks, log, analoogiliselt, muutujate, milleks, summaarsed, vastavalt, igi, ide, andmestikust, lisas, mittettamist, koostamine, kirjeldamine, logistilise, regressiooni, koostati, olguybinaarne, tunnus, ybernoulli, jaotusega, parameetriga, kirjeldab, kirjeldavad, alapeatkis, mainitud, osades, ruutliikmeid, histagu, xkigi, sisaldavate, logitseosefunktsiooniga, hariliku, hinnataks, sltuvat, ymudeliga, alamhulk, vabaliige, tunnustele, koetsiendid, sellise, yomandada, tervest, reaalarvude, rakendatakse, tunnusele, ymingit, seosefunktsiooni, piirata, soovitakse, hinnata, jma, logitseosefunktsiooni, logit, ykeskvrtus, omakorda, avaldub, laltoodud, seosest, ea, meetodit, logistiliseks, regressiooniks, valimis, hte, testitud, vaatlused, sltumatud, rikub, lineaarsete, sltumatuse, eeldust, valimisel, koetsientide, hindamisel, segamudelit, ckirjeldab, juhuslikku, efekti, segamudeli, sobitamiseks, statistikaprogramm, glmmadmb, valimine, mudelisse, olgu, xdeneeritud, valiku, algoritm, kirjeldavate, muutujatena, xmingi, alamhulga, valimiseks, moditseeritud, varianti, meetodist, neb, kshaaval, lisamist, tegevus, parandab, stepwise, forward, selection, headuse, akaike, informatsioonikriteeriumi, lon, teprafunktsiooni, maksimaalne, arv, ttes, lesobitamist, vrtust, valida, vhim, treeningandmestikku, elda, kumb, parem, burnham, anderson, enne, rakendamist, eemaldati, juhuslikult, hiljem, valideerimiseks, moodustas, treeningandmestiku, lhtus, jrgmistest, tingimustest, sisalda, komplekt, minimiseerib, tisarvu, thistab, maksimaalselt, sisaldada, tunnusega, deneeritud, leitav, sarnased, ujuba, deneerime, hulgad, xn, kirjeldavaid, muutujaid, uja, valimise, kirjeldus, arg, min, fg, ff, lpetab, vn, algoritmisamme, korratakse, merineva, tbilt, ahne, tsklisammul, lisatakse, sel, pruugi, taoline, lhenemine, teoreetiliselt, parimat, valikukriteeriumit, ldvendada, saada, vrdse, headusega, muudeti, rekursiivseks, hargnemistega, sammu, versioonis, kehtivad, [fg, [f, hargneb, mitmeks, haruks, sobivaid, tunnuseid, fning, harus, tunnustest, jtkub, tavapraselt, hargnemiseni, kttesaadav, githubi, repositooriumist, github, com, maarjalepamets, masker, algoritmiga, parimaid, alustades, erinevast, komplektist, arvestavaid, ruute, xsisaldab, valiti, vike, vrreldi, mudelitega, sisaldust, kirjeldav, tegemisel, jlgiti, saaks, vhemalt, igast, grupist, vrdlusesse, selliseid, lhemaid, vrdlemiseks, valimist, plik, kuivrd, hinnangud, tenosusele, aitasid, testandmestikust, halvasti, ttavaid, arvestati, arvutusi, neis, eesmrgiks, konveierisse, kasutamise, tttu, oluliselt, aeglustuda, arvutuste, aegu, mdeti, bioinformaatika, ppetooli, centos, linuxi, serveris, tuuma, taktsagedusega, ghz, operatiivmlu, bioloogiliselt, relevantse, vabaliikme, maksimiseerib, regressioonmudeli, suurima, tepra, hinnangut, esindatud, ljaspool, vrtusi, ennustus, oodatavast, erineda, bioloogilist, taustateadmist, ennustused, ekstreemsetel, relevantsed, osutusid, probleemseteks, katavad, ligu, potentsiaalsed, muutuda, suurtele, krged, tpne, jat, huvita, ennustab, nad, krgeteks, probleem, madal, tielikult, kasutusklbmatuks, probleemi, koetsientidest, arvutuskik, vrtustega, tegelike, tenosuste, mediaan, teada, milline, unikaalne, mehhanismi, peaks, eeldusest, mudelile, jrgmiselt, vrtusest, raames, implementeeriti, hinnanguline, sedavrd, prsib, genoomses, sagedustest, tkindlust, kuju, andmestikku, metoodikat, funktsionaalsus, funktsioonide, kogumikuna, kompileerida, kivitatava, programmina, vimaluse, varieerida, peatkk, phinevaid, kasutamisest, loobuda, leidub, sagedusega, vrdselt, baseerub, tabelitel, tabelid, kernighan, ritchie, tulevikus, sourceforgei, aadressil, sourceforge, net, jutine, asukoht, kompileeru, st, sltumatult, veateadete, haldamiseks, funktsioone, rakendus, eraldiseisvana, kompileerumist, kasutamist, operatsioonissteemides, linux, ubuntu, mac, sisend, vljund, surealt, maskeeritava, arvulised, mravad, viisi, ranguse, ulatuse, tisnimekiri, nited, lisades, lisasid, sisendjrjestusega, trkitakse, standardvljundisse, sisendjrjestuse, lihtsa, vastava, puudumisel, jb, ootama, standardsisendit, klaviatuurilt, kolm, tpsustada, vrtuse, arvutamisel, vaadatakse, tpseid, lineaar, ruutliikmega, vastav, koetsient, koetsiendi, muutuja, reaalarv, eeldab, vabaliikmega, nide, tabelit, seal, absoluutarve, ignoreeritakse, mravaid, elemente, nime, mramise, deklaratsioonid, koondada, lihtsasti, maskeerimislesande, deklareerida, segamini, failist, mitmekordse, esitamise, krgema, prioriteedi, kolmas, variant, neile, jad, muu, informatsioon, mrama, failide, eesliite, jaminevate, tabelite, eesliitena, identikaatorit, kelle, nivoo, nukleotiide, otsmine, soovi, ta, kummaski, suunas, tahab, lhtejrjestust, kahel, viisil, asendades, themrgiga, thistava, niteid, otsustada, vljundjrjestuse, nol, sne, muutujatega, dnaamiliselt, allokeeritud, themrkide, massiiv, tvoos, eri, vahel, liigutatakse, maskeerimisnivoo, maskeeritavate, ringpuhver, keskseks, struktuuriks, millesse, loetavad, themrgid, jrjestusephine, jutiselt, phjusel, esiteks, suvalise, kummalegi, poole, lugemisel, algoritmil, puhver, loetud, talletada, laekunud, sisendjrjestus, teisi, themrke, reavahetused, thikud, themrgi, hel, lppeda, jrgmisel, vljutada, tpselt, suurusega, massiivist, tisarvust, analsinud, vljundisse, saatnud, massiivides, elementideks, binaarsed, millised, massiivis, vljastada, maskeeritult, neljandas, mrgitud, positsioonid, themrk, vasta, helegi, nukleotiidile, puhvri, kuuluvatest, tisarvudest, osutavad, positsioonidele, kuhu, kust, asub, viimati, staatus, mitteloetud, struktuuriga, koos, titmiseks, thjendamiseks, moditseerimiseks, puhvrisse, lisamisel, massiive, thjendatakse, ritab, themrki, sisestada, sellisele, positsioonile, olevat, elementi, saadetud, judnud, lppu, hjendamisel, alles, kogutakse, luuakse, algvrtustatakse, kontrollitakse, muudetakse, kirjed, kttesaadavaks, memory, map, tagab, suuri, loeta, tervenisti, arvuti, operatiivmllu, piirdutakse, osadega, tabelile, eeskiri, kuue, arvutamist, sisaldavatele, ruutliikmetele, thistusi, olguk, pikima, nlejnud, nendeks, maskeerimisstaatuste, joonisel, kuuluvad, koosseisu, viidad, meelde, sisestamata, soovida, laiemat, piirkonda, maskeerimisstaatused, viit, osutab, viimasele, thjendamisel, viitade, otspunktid, thikule, reavahele, mrgitakse, koheselt, maskeerituks, sed, piirmr, lesvoolu, dpraimeri, allavoolu, mringpuhvri, maskeerimisinformatsiooni, suunalise, [i, ndat, liigutakse, sammhaaval, sammuga, juurde, puhvrit, thjendades, hviimati, positsioon, lugenud, thikuid, reavahesid, tidetakse, jrgnev, tehakse, jrgmised, algoritmisammud, logaritmides, summasid, lineaarkombinatsioon, vastavaid, koetsiente, vrtusele, liidetakse, hinnatakse, vaadeldavate, lineaarkombinatsiooni, alpha, siism[m, i], indeksi, ipuhul, kehtib, djrgmist, uuendamine, lema, komplektiga, ilma, mudelita, mrab, piirmra, kontrollib, sarnaselt, maskeerimisele, prog, rammi, lisati, kuus, globaalset, maskeerimisfunktsiooni, vljallitamiseks, neli, milliseid, kuuenda, kaaluga, lplikus, kvaliteedihinnangus, arvestatakse, sissellitamisel, automaatselt, kehtivate, piirangutega, parameeter, vaikevrtus, primer_mask_template, primer_failure_rate, primer_masking_list_prefix, homo_sapiens, eesliide, primer_wt_failure_rate, kaal, mllu, jaminevad, jooksul, vahetada, soovib, htudes, tpsustab, lhtejrjestusel, lempiiriks, jrjestusena, olukorrad, hele, ahelale, ebasoovitud, uuendatud, tingitud, vljastatavale, arvestata, integreeritud, maskeerimisfunktsiooniga, tuli, deneerida, seondumispiirkondade, leidmisel, trimmed_masked_seq, kandidaatpraimeri, paremusjrjekorda, panna, lisada, takistaks, sellistele, sarnaseid, tulemusena, valmis, hinnangu, kirjeldatavateks, tunnusteks, integreerimisele, kompileeruva, paindlikum, jal, rohkemate, tekstifailina, lempiir, tenosusarvutuseta, genoomide, mbruses, mlemat, multi, samamoodi, formaaditud, vaikemudelit, vikethte, kummale, alamlesandeks, disainifaasis, parimate, kvaliteedi, phineva, valikukriteeriumiga, ahnet, iendavaks, kriteeriumiks, jaks, jagunesid, gruppi, sltumatute, genereeris, sisaldasid, arvutatavad, kasutasid, pikkustega, ljastatud, olid, grupiti, tugevas, korrelatsioonis, vaadeldi, koosnevat, alamhulka, eelistati, lihtsaid, vikese, vrtusega, rdlusesse, rd, luses, mudelidmudel, kasutatava, suudab, vaadeldavat, analsida, detud, kiirused, kiiremini, maskeerisid, rreldes, kmeeriga, mudelist, erine, teineteisest, olulisel, mral, phjuseks, ilmselt, pikemate, kauem, ikkagi, korra, headust, sltumatut, testandmestikku, testandmestiku, praimeripaarile, vrdluses, suuremaid, kehvemini, ttavate, osakaale, muutub, eraldamisel, kituvad, uuritavad, eemaldamisel, tulemusi, paremaks, keskmised, tegelikud, viksemad, sellistel, praimeripaaridel, ji, krgemale, enosusnivoo, taaskord, suuremate, nivoode, hindavad, tkiirused, tkiiruseid, erinevaid, esitatud, arvutatud, mtmise, keskmistena, hikuteks, sekundi, kiirus, ahel, kujutatud, telg, jtta, osakaal, seitsme, maskeerimisnivoode, tulpade, puudumine, maskeerinud, htegi, tegelikest, madalamateks, lausa, madalamaks, hemalt, lihtsamaid, kiiremaid, jooniseid, kujudest, nha, mlemad, vaatluste, kuigi, vrd, lus, joonised, thistavad, visualisatsioone, otstes, puna, kollane, gradient, punane, mrgib, rohekad, alad, sinine, ala, komplekte, reaalsuses, kunagi, esineda, saa, vikeste, suureks, bioloogilises, mttes, relevantsemad, vrreldud, tundlikkust, tenosusnivoode, krgemate, tenosusnivoodega, omadest, madalamad, seevastu, vljaspool, suurteks, vime, korrektsed, parandamiseks, tagaks, kujult, igem, parema, sensitivity, tulemustest, igeid, positiivseid, huvitavad, madalate, tenosustega, parimaks, mudeliks, parameetritega, pmittettamine, sooviti, lhtejrjestusest, keskmiselt, sadat, kromosoomist, nukleotiidset, smith, maskeerimisprotsente, enosusnivood, pooled, genoomijrjestustes, kolmandik, nukleotiididest, rgemate, piirmrade, muutuvad, osakaalud, sarnasemaks, mlukasutus, jakasutus, taeg, pikeneb, pikkuse, kasvades, lineaarselt, suuruse, logaritmiliselt, kiiruseks, sellel, suurusest, kuna, prdutakse, mapping, funktsiooni, failidest, reaalselt, piirnivoode, positsioone, asuv, vaikemudeli, suurused, unikaalset, tkiiruse, sltuvus, kasutatavatest, kiiruste, mtmiseks, rreldi, tunnuseks, arvestasid, meeridest, erinevusega, viimaste, esimesest, aeglasemad, jalikkuse, testimiseks, sisendjrjestustena, igaks, pikk, disainiti, vaikevrtuseid, samadele, maskeerimisfunktsioon, llitatud, maskeerimisnivooks, pingeritta, seadmisel, lemal, lasti, maskeerimata, igist, maskeerides, keskmiseks, tenosuseks, helgi, praimeril, polnud, praimerijrjestusi, vaadati, praimerikandidaate, valikust, tkindlus, muudele, parameetritele, seondumiskohtadega, tekitavad, valeprodukte, sltuva, integreeriti, enamkasutatava, seati, poleks, genereerida, paljusid, kaasapandavad, vtaks, kvaketta, ruumi, otsustati, maksimaalset, suurus, kaasamist, andnud, omavahelises, korrelatsioon, varasemalt, publitseeritud, vaikemudelitena, sisaldanud, arvudest, tuletatavaid, seatud, meeridega, soosi, pikem, vaikemudel, lihtsamate, otsustades, kasuks, mittetmise, eeldatavasti, suurte, eukarootsete, imeta, jaid, suurustega, sagedusjaotused, genoom, motiivide, arvelt, taimede, genoomid, sobida, samad, eeldada, isegi, ennustatud, iged, mistahes, vlditakse, halvemate, etapis, eemaldada, kehvemaid, praimeripaare, otsib, hilisemas, jrgus, seada, paremad, lesehitus, vljastaks, kehvemad, raske, krgeks, kehvade, langetatakse, ebasobivuse, otsus, tahta, vaatluse, alt, kehva, mittesobiva, seondumiskoha, mbrusest, varasemates, maskeerimisfunktsionaalsusega, eraldiseisev, vabaduse, sisendjrjestust, vaadelda, disainilesande, maskeerimisfunktsioonita, vhendab, olulisem, theldada, neil, seondumiskohti, kandidaadid, varakult, disainiprotsessist, uurimuse, edukust, vljaselekteerimisele, maskeerimisalgoritmil, potentsiaalseid, kasutusvimalusi, selliseks, liigispetsiiliste, liigi, paljundatav, genoomipiirkond, liikide, hendtabelit, sagedusnivood, uuritavale, liigile, taolisele, hegi, lhenemist, bakterispetsiiliste, olukorras, proov, ttaks, genoomsele, ehkki, bakteri, unikaalsed, kokkuvte, enimkasutatavaid, biotehnoloogilisi, nukleotiidsete, paljudest, teguritest, seotud, seonduks, piirkonnaga, piirkondadega, phjustavad, esimeseks, disainitava, asuvate, osutus, teiseks, lhtejrjestuse, maksimaalsest, tenosusest, piirnivooga, kivitades, kumba, millise, kolmandaks, erinevasse, jrku, vimaldati, genereerimist, arvutab, kandidaatpraimerile, viimaks, vhendas, tulemuseks, saadi, jrjestustelt, madalam, kehvema